On peut utiliser l'outil de contrôle d'intégrité des fichiers système (SFC) depuis un environnent de restauration (WINRE s’exécutant sur une clé USB par exemple) cependant il faudra alors préciser les valeurs des paramètres OFFWINDIR et OFFBOOTDIR:

sfc /scannow /OFFbootdir=c:\ /OFFwindir=d:\windows

Dans cet exemple, aucune lettre de lecteur n'est associée au volume de boot. On utilise alors DISKPART pour associer une lettre et ainsi pouvoir lancer l'outil de récupération SFC depuis une clé USB:

REM Lancer dispart
DISKPART

REM lister les volumes
LIST VOLUME

REM parmis les volumes disponibles sélectionner la partition de boot (FAT32 environ 200 Mo)
SELECT VOLUME 3

REM associer une lettre de lecteur
ASSIGN LETTER=G
 
EXIT

On peut à présent lancer l'outil SFC:

X:
SFC /SCANNOW /OFFWINDIR=C:\Windows /OFFBOOTDIR=G:\