Installer les utilitaires flac et lame pour faire la conversion:

$ sudo apt-get install ffmpeg

La commande simple sans conservation des tags:

$ flac -c -d "fichier.flac" | lame -V0 --ignore-tag-errors - fichier.mp3

traitement par lot pour convertir tous les fichier flac du répertoire courant:

$ for f in *.flac; do
OUTPUT_FILE=$( echo $f | sed "s/\.flac/\.mp3/" )
flac -c -d "$f" | lame -V0 --ignore-tag-errors - "$OUTPUT_FILE"
done

• https://wiki.archlinux.org/index.php/Convert_Flac_to_Mp3