Par défaut l'opération checkout est non destructive, elle n'écrase pas les modifications non validées (via commit).

Si l'on ne souhaite pas retenir les dernières modifications non validées et retourner dans l'état exact du commit ciblé, on peut utiliser le paramètre -f ou --force.

# Les modifications apportées aux fichiers suivis seront perdues
# si elles n'ont pas été validées.
git commit --force master

Le checkout agit seulement sur les fichiers suivis. Les fichiers non suivis resterons dans le répertoire de travail. Pour supprimer les fichiers non suivis du répertoire de travail, utiliser git clean.

git clean --force

• https://askcodez.com/comment-le-repertoire-de-travail-est-mis-a-jour-sur-git-checkout.html