Tomboy utilise GConf pour sauvegarder les paramètres de configuration. pour lister les paramètres définis:

$  gconftool -a /apps/tomboy

Les notes créées par l'utilisateur sont enregistrées dans son répertoire personnel sous le dossier ~/.local/tomboy/

La commande --help donne une liste exhaustive des options disponibles. Une option intéressante lors du lancement de l’application est --highlight-search qui permet d'afficher directement la note et le mot clé en surbrillance.